И все же друзья Барта сделали попытку добиться для него звания действительного члена Академии наук, членом-корреспондентом которой он был с 1885 года. Ходатайство о присвоении ему этого звания возбудили три члена филолого-исторического отделения: специалист по истории древнего мира Г. Партей, востоковед Г. Петерман и историк Л. Ранке. С ходатайством ознакомили действительных членов Академии наук, после чего состоялось голосование. Однако принятие Барта в действительные члены Академии наук натолкнулось на сопротивление. Восемь членов Академии проголосовали за него, 13 — против. Само собой разумеется, что знающий себе цену, самолюбивый ученый воспринял это поражение как тяжкое оскорбление. Допустим, что недоброжелательность и интриги сыграли здесь не последнюю роль, но многие тогда считали, что немалую долю вины Барт все же должен был приписать себе, своей резкой манере поведения, которая многих от него отталкивала.
После почти шестилетнего пребывания в Африке, где Барт познал вкус свободы и независимости, теперь он не мог приспособиться к обывательско-консервативной среде. Ученый вновь уединяется, не переставая находиться в постоянном конфликте с окружающим миром. Правда, к своим друзьям он по-прежнему был внимателен и готов прийти им на помощь. Отныне с особенной силой в нем вспыхнули родственные чувства. Он охотно и сам обзавелся бы семьей, да все еще не представлялось подходящей возможности. «Во всяком случае, я не женюсь лишь бы жениться, — писал он в начале 1860 года, — а сделаю это, если встречу ту, к которой почувствую неудержимое влечение. Но это решит будущее. В настоящее время мое сердце совершенно свободно, хотя в воспоминаниях я и возвращаюсь с большой симпатией к нескольким представительницам слабого пола, с которыми меня время от времени сводила судьба».
Очень точно охарактеризовал Барта как человека его свояк Густав Шуберт: «О личной жизни Барта я хотел бы добавить следующее. В обиходе он отличался суровостью и скрытностью, и, безразличный ко всему будничному, в дружеском общении, как только разговор касался глобальных вопросов политики и науки, он превращался в увлекательного и экспансивного собеседника. О собственных заслугах Барт не любил распространяться, но, если о них все же заходила речь, он говорил с большой скромностью. Вследствие своей замкнутости Барт плохо разбирался в людях и часто придавал их выступлениям в печати большее значение, чем они того заслуживали. В письменном обмене мнениями он выражался весьма прямодушно, а иногда даже любил употреблять крепкое словцо… Особенно он считался с откликами в зарубежной печати, прежде всего Англии и Франции, но также России, Швейцарии и Италии. Со многими крупными учеными он состоял в оживленной переписке».
После того как в течение нескольких лет Барт тщетно надеялся получить должность ординарного профессора, провал его кандидатуры при голосовании нанес особенно сильный удар по его самолюбию. Но и это было еще не все. Его ходатайство о твердом жалованье также отклонили, а вместо этого лишь продлили ежегодное пособие. В 1862 году факультет вновь отклонил его кандидатуру на должность ординарного профессора. После таких унижений чаша терпения была переполнена.
5 января 1863 года Барт писал министру по делам культов: «Старый год остался позади, начался новый. Все время я терпеливо ждал, чтобы данные мне письменные обещания были выполнены. Однако отныне я не могу больше оставаться в неизвестности и готовлю статью в газету, чтобы выпросить для себя постоянное место службы где-нибудь в другом месте, причем я твердо убежден, что там сумеют оценить по достоинству результаты моих трудов, которыми здесь всячески пренебрегают.
Пруссия, по чьей инициативе, при чьем содействии я участвовал почти шесть лет в опасной и сверх всякой меры тяжелой экспедиции в глубинные районы Центральной Африки, принесла меня в жертву Англии, чьи интересы мне совершенно чужды. Сейчас, когда меня со дня на день оставляют в неведении относительно моего будущего, похоже, происходит то же самое. Такое сомнительное положение, без какой бы то ни было поддержки я не в состоянии больше выносить и настоятельно прошу без дальнейших промедлений положить этому так или иначе конец».