Инициатива создания специального одноразового судебного органа для рассмотрения дела Тухачевского и его товарищей по несчастью принадлежала Сталину. Его слово было решающим и при определении персонального состава суда, который далеко не случаен, как может показаться на первый взгляд. И подбор этот Сталин сделал, когда слушал выступающих в ходе заседаний Военного совета 1–4 июня 1937 года. Например, выступления С.М. Буденного, В.К. Блюхера, Я.И. Алксниса, И.П. Белова, П.Е. Дыбенко отличались особой резкостью оценок при осуждении Тухачевского, Якира, Уборевича, Корка, Эйдемана, как «подлых заговорщиков и изменников». Упомянутый выше И.М. Зарянов, впоследствии генерал-майор юстиции, давая в 50 х годах показания по данному делу, в своем объяснении отмечал: «Из разговоров с Ульрихом я понял, что Особое присутствие, членами которого являлись только маршалы и командармы, создано по инициативе Сталина. Целью создания этого специального военного суда Сталин ставил поднять этим авторитет суда и убеждения в правильности приговора»[39].
Сейчас доподлинно известно, что весь май и первую половину июня 1937 года Сталин вплотную занимался делом «о военном заговоре в РККА». Применительно к июню хронологически это выглядит так. Первые четыре дня его внимание было приковано к работе Военного совета при наркоме обороны. 5 июня, сразу после окончания его работы, Сталин обсуждает вопрос о заговоре с Молотовым, Кагановичем и Ежовым. Тогда же было решено из большой группы высшего комначсостава, арестованной, в мае 1937 года, отобрать несколько лиц для судебного процесса, объединив их в одно групповое дело. Выбор пал на наиболее именитых – Тухачевского, Якира, Уборевича, Корка, Эйдемана, Фельдмана. Но здесь оказалось мало «троцкистского душка» и тогда к ним решили с этой целью добавить комкоров Путну и Примакова, арестованных еще в 1936 году. Оба они действительно до 1927 года разделяли взгляды Троцкого, но затем публично отмежевались от них, заявив об этом в партийных органах и в печати.
7 июня нарком внутренних дел Ежов и Прокурор СССР А.Я. Вышинский представили Сталину вариант обвинительного заключения по делу. Разговор этот происходил в присутствии Молотова, Кагановича и Ворошилова. После просмотра и внесения в него Сталиным, изменений и поправок текст обвинительного заключения приобрел окончательный вид. В тот же день (7 июня) в порядке подготовки судебного процесса постановлением Президиума ЦИК СССР были утверждены в качестве запасных членов Верховного Суда СССР С.М. Буденный, Б.М. Шапошников, И.П. Белов, Н.Д. Каширин, П.Е. Дыбенко.
10 июня 1937 года состоялся чрезвычайный пленум Верховного Суда СССР, заслушавший сообщение Прокурора страны А.Я. Вышинского о деле по обвинению Тухачевского и других участников «военного заговора». Пленум постановил для рассмотрения дела образовать Специальное Судебное Присутствие Верховного Суда СССР в составе В.В. Ульриха, Я.И. Алксниса, В.К. Блюхера, С.М. Буденного, Б.М. Шапошникова, И.П. Белова, П.Е. Дыбенко, Н.Д. Каширина и Е.И. Горячева.
Сталину из информации Ворошилова был известен характер взаимоотношений внутри высшего армейского руководства. Например, знал он о неприязни Егорова, Буденного, Белова, Дыбенко к Тухачевскому, не говоря уже о самом наркоме. Истоки такой нелюбви восходят своими корнями еще ко временам гражданской войны, когда по вине командования Юго-Западного фронта (Сталин, Егоров) и 1 й Конной армии (Ворошилов, Буденный) закончился поражением советских войск так успешно начатый в 1920 году поход на Варшаву Западного фронта под началом Тухачевского. Речь идет об отказе Сталина и Егорова выполнить приказ Главкома С.С. Каменева о передаче в начале августа 1920 года 12 й и 1 й Конной армий в состав Западного фронта, где наметился большой успех при наступлении на столицу Польши.
В ходе развернувшейся после гражданской войны дискуссии о советско-польской кампании Сталин, Егоров, Ворошилов, Буденный всячески старались всю вину за поражение переложить на Главкома Каменева и командование Западного фронта в лице М.Н. Тухачевского. Об этом, в частности, говорилось и в книге А.И. Егорова «Львов – Варшава», изданной в 1929 году. Книга, получив одобрение Сталина, в то же время вызвала недовольство со стороны многих военный деятелей и историков. Дискредитация Тухачевского со стороны Сталина и Ворошилова фактически не прекращалась вплоть до его ареста. Более того, к ней подключались все новые и новые лица. Например, 16 апреля 1928 года Буденный, Егоров и Дыбенко (начальник Управления снабжений РККА) направили письмо Ворошилову, в котором допускали нападки на Тухачевского, принижая его заслуги и боевой опыт, умаляя его роль в руководстве деятельностью Штаба РККА и ставили вопрос о его замене на этом посту. Данное письмо, по всей видимости, написано было по подсказке «сверху» и рассматривалось, очевидно, в качестве своеобразного детонатора. Содержание письма оказалось созвучным с мыслями и намерениями как политического, так и военного руководства страны. Детонатор сработал и, оценив сложившуюся обстановку, Тухачевский вынужден был поставить вопрос о своем освобождении с поста начальника Штаба Рабоче-Крестьянской Красной Армии.