Идея провести спецоперацию, направленную на физическое уничтожение Гитлера, возникла в Кремле осенью 1941 года, когда немецко-фашистские войска рвались к Москве. Советское руководство не исключало возможности захвата противником столицы, в связи с чем Управлению НКВД по Москве и 2-му (диверсионному) отделу НКВД СССР поручили организовать подполье и заминировать главные административные и хозяйственные объекты города. Выполняя приказ, начальник 2-го отдела Судоплатов поставил перед будущими подпольщиками задачу: в случае, если Москва падет под натиском врага и Гитлер прибудет в город, необходимо попытаться организовать на него покушение. Например, во время предполагаемого парада немецких войск на Красной площади. Вот что сам Судоплатов писал по этому поводу:
«Берия приказал нам организовать разведывательную сеть в городе после захвата его немцами. В Москве мы создали три независимые друг от друга разведывательные сети. Одной руководил мой старый приятель с Украины майор Дроздов. В целях конспирации его сделали заместителем начальника аптечного управления Москвы. Он должен был в случае занятия Москвы поставлять лекарства немецкому командованию и войти к нему в доверие. Очень большую работу по подготовке московского подполья и по мобилизации нашей агентуры для противодействия диверсиям немцев в Москве проводил Федосеев – начальник контрразведывательного отдела Управления НКВД по Москве. По нашей линии за эту работу отвечали Маклярский и Масся. Помимо этих двух агентурных сетей, мы создали еще одну автономную группу, которая должна была уничтожить Гитлера и его окружение, если бы они появились в Москве после ее занятия. Эта операция была поручена композитору Книпперу, брату Ольги Чеховой, и его жене Марине Гариковне. Руководить подпольем должен был Федотов – начальник Главного контрразведывательного управления НКВД».
Как вспоминает Зоя Рыбкина, в начале войны прикомандированная ко 2-му отделу, оставляемые в Москве разведгруппы маскировались под семью: дед (руководитель группы), бабка (его заместитель), внук или внучка (радист-шифровальщик). «Деды и бабушки – старые большевики, лет под шестьдесят и старше, с огромным опытом подпольной работы и партизанской борьбы во время Гражданской войны. По возрасту и здоровью они освобождены от военной службы, должны ехать в эвакуацию вместе с семьями, но наотрез отказались». Весьма интересные подробности о подготовке подпольных групп поведал в своих воспоминаниях сотрудник 4-го отдела Кирилл Хенкин, племянник известного эстрадного артиста Владимира Хенкина, находившийся в непосредственном подчинении Михаила Маклярского: «В октябре 1941 года Москву могли сдать. Для оперативных групп, которым предстояло остаться в столице, нужно было срочно готовить явочные квартиры, склады аппаратуры, оружия, боеприпасов, питания для рации, продуктов. Известные соседям явочные квартиры НКВД для этого не всегда подходили. Маклярский посылал меня что-нибудь подыскать, обращаясь лишь к людям, далеким от органов, и порядочным, чтобы не предали и не обворовали. Я сразу подумал об одной паре теософов. Муж, преподаватель математики, был другом моего покойного брата, жена – учительница химии. Нищие святые люди. Но как уговорить их пользоваться в известных пределах доверенными им продуктами? Эти бессребреники могли, чего доброго, умереть с голоду, охраняя наши консервы. Бежать из Москвы они не собирались, заранее принимая свою карму. Хитрить с ними я не смел. Пришел в форме, с маузером в деревянной кобуре и сразу сказал, где служу и о чем прошу. Они только замахали руками… Они сделают все что надо… Эти милые московские интеллигенты, осведомители с большим стажем, тут же настрочили на меня донос: Хенкин приходил к ним с пораженческими разговорами, говорил о возможной сдаче Москвы!»
Но фашисты были отброшены от советской столицы и больше о парадах на Красной площади не помышляли. Однако во 2-м отделе, в 1942 году преобразованном в 4-е (разведывательно-диверсионное) управление НКВД, замысел уничтожить Гитлера не оставили. Внимательно отслеживая перемещения фюрера, разведчики установили, что со второй половины июля по октябрь 1942 года Гитлер находился в полевой ставке «Вервольф» под Винницей. Оттуда он руководил боевыми действиями, периодически вылетая в Берлин или в свою баварскую резиденцию «Бергхоф».