Его требовательной волей на афише МХТа появятся не только А. Чехов, но и М. Горький, Л. Толстой, произведения Л. Андреева, Г. Ибсена, Г. Гауптмана и других авторов.
18 декабря 1902 года состоялась триумфальная премьера спектакля «На дне» в режиссуре Немировича-Данченко и Станиславского. «Стон стоял… Публика неистовствовала, лезла на рампу, гудела», — говорили очевидцы. «Человек — это звучит гордо!» — воодушевлённо восклицал со сцены Сатин (К. Станиславский). Уважением к достоинству личности, романтической верой в свободу, в возможность и необходимость поднять со дна жизни всех людей был пронизан спектакль.
Немирович-Данченко с законной гордостью говорил, что именно ему удалось найти манеру произнесения текста, естественную для пьесы Горького. «Надо играть её, как первый акт „Трёх сестёр“, но чтобы ни одна трагическая подробность не проскользнула».
Растроганный Горький подарил Немировичу-Данченко экземпляр «На дне», на котором написал: «Половиной успеха этой пьесы я обязан Вашему уму и таланту, товарищ!»
В 1903 году выходит один из лучших спектаклей Немировича-Данченко «Юлий Цезарь». Готовясь к постановке, он вместе с художником Симовым ездил в Италию.
Режиссёр воссоздаёт грандиозную историческую картину, заселяя сцену патрициями, рабами, римскими гражданами, сирийцами, египтянами, водоносами, ремесленниками, танцовщицами, — все они живут своей жизнью, вовсе не соотносящейся с жизнью Цезаря. Главным действующим лицом спектакля становится народ. В массовке было занято около 200 человек. И каждую фигуру массовки Немирович-Данченко охарактеризовал конкретно и точно.
В январе 1904 года МХТ выпустил спектакль по пьесе Чехова «Вишнёвый сад». До этого с успехом прошли «Дядя Ваня» (1899) и «Три сестры» (1901).
Немирович-Данченко утверждал, что собственное его литературно-душевное бытие кончится, когда кончатся чеховские пьесы. Смертью писателя в июле 1904 года Владимир Иванович был потрясён, раздавлен. Памяти Чехова «художественники» выпустили спектакль «Иванов». Немирович-Данченко поставил его умно, строго, с точным ощущением эпохи — тех восьмидесятых годов, к которым относит себя Гаев.
Во время первой русской революции режиссёр находился во власти серьёзного внутреннего разлада: «Я сейчас переживаю огромные потери… Многое в моей жизни разваливается». Ему кажется, что его обступают корыстные, чуждые его душе люди. «Чеховские милые скромно-лирические люди кончили своё существование», — вырвалось у него в июне 1905 года.
В МХТе особенно надеялись на пьесы Горького. Вскоре на афише появились «Дети солнца» (в совместной режиссуре Станиславского и Немировича-Данченко). Глубокая достоверность спектакля привела на премьере к драматическому недоразумению. Массовую сцену в финале Немирович-Данченко поставил так, что публика приняла артель штукатуров за черносотенцев, которые пришли громить театр, начав с артистического персонала. Зрители, у которых нервы оказались послабее, повскакали с мест, бросились из зала.
В наэлектризованной атмосфере, вызывая бурные реакции, шёл также ибсеновский «Бранд», премьера которого состоялась в конце декабря 1906 года. Театровед И. Соловьёва пишет о режиссуре Немировича-Данченко: «Он выходил здесь на невиданно острые контакты с публикой. „Брал“ публику прямо — громадой вопросов, масштабами зрелища, мощью хоральных звучаний, экстатичностью ритмов…»
Станиславский увлечён, поглощён экспериментами, работой с молодёжью, а Владимир Иванович ведёт трудную административно-организационную часть, он режиссирует, он должен составлять репертуар так, чтобы тот оставался репертуаром высокого, строгого вкуса, он поддерживает равновесие между труппой, администрацией, пайщиками.
Во время отпуска Владимир Иванович спешит поправить здоровье. Из-за печени ему рекомендован Карлсбад. Затем вместе с семьёй отдыхает в Кисловодске или в Ялте.
Между тем Художественный театр испытывал репертуарный кризис. После того как Немирович-Данченко не принял пьесу «Дачники», Горький отказался от сотрудничества с МХТом. Попытки Владимира Ивановича достичь примирения к успеху не привели.
