О размерениях судна, его водоизмещении и грузоподъемности можно только гадать. Предположительно, водоизмещение находилось в пределах от 120 до 240 т. При создании в ХХ в. одной из реплик «Санта Марии» (всего их, начиная с конца XIX в. построили несколько, с различной степенью правдоподобия) историки провели немало времени, пытаясь воссоздать ее внешний вид и разработать чертежи. В итоге новое судно имело следующие характеристики: длина по палубе – 23,6 м, длина киля – 15,8 м, максимальная ширина – 7,92 м, осадка – 2,1 м, высота грот-мачты и грот-стеньги – 26,6 м, длина грот-рея – 16,4 м, грузоподъемность – 105,9 т.
Точная дата постройки судна неизвестна, но скорее всего в 1480 е гг. Место постройки – Галисия, вероятно, за время службы оно сменило название. На момент включения в состав флотилии Колумба принадлежало кантабрийскому мореплавателю и картографу Хуану де ла Коса. Именно он и был капитаном «Санта Марии» во время знаменитого плавания, а впоследствии принял участие еще в целом ряде экспедиций – как с Колумбом, так и с другими исследователями и конкистадорами.
На момент отплытия из порта Палос в Атлантику (это произошло 3 августа 1492 г.) на борту «Санта Марии» находилось 40 человек, имена 26 из них известны. На судне имелась артиллерия: четыре бомбарды и несколько небольших кулеврин.
Переход до Канарских островов оказался непростым, «Пинта» получила серьезные повреждения, и ей требовался основательный ремонт. Также на Канарах по распоряжению Колумба частично изменили парусное вооружение «Ниньи». В Атлантику суда вновь вышли 9 сентября. По большому счету, оно протекало без особых происшествий. Но спустя месяц экипажи стали заметно нервничать. Моряки были уверены, что давно пора достичь берегов Азии, к тому же несколько раз им попадались «верные признаки» близости земли, а она все не появлялась. Начали проявлять беспокойство даже капитаны каравелл братья Пинсоны. Сперва они настояли на изменении курса, а потом при полной поддержке всех экипажей поставили Колумбу ультиматум: еще три дня экспедиция продолжает движение на запад, потом – если ничего не удастся найти – поворачивает назад. Землю увидели как раз на третий день…
Согласно записям Колумба он лично увидел некий «свет» около 22 часов 11 октября. А затем примерно в 2 часа ночи следующих суток землю на горизонте заметил матрос с «Пинты» Хуан Родригес Бермехо (известен также под именем Родриго де Триан). Обнаруженный остров аборигены называли Гуанахани, а испанцы окрестили его Сан-Сальвадор. Затем последовали новые открытия, однако Куба и Эспаньола (Гаити) никак не соответствовали представлениям Колумба и его людей об Индии или Китае.
В ноябре Мартин Алонсо Пинсон на «Пинте» не то потерял остальные суда, не то просто решил действовать самостоятельно. Колумб продолжил исследования, вплоть до Рождества. Тут и произошла катастрофа: вопреки указаниям адмирала на руль поставили неопытного молодого матроса, посадившего «Санта Марию» на риф. Отчаянные попытки снять судно (для его облегчения даже грот-мачту срубили) ни к чему не привели. Волны разрушали корпус, людям пришлось перебраться на берег. Испанцы и пришедшие к ним на помощь местные жители смогли снять с обреченного нао все ценное, а корабельное дерево было вскоре использовано для сооружения на берегу небольшого форта. В память о дне гибели «Санта Марии» его назвали Навидад (исп. La Navidad, Рождество). Там Колумб оставил 39 человек, а в Испанию решил возвращаться на «Нинье»…
Спустя много лет после первой экспедиции Колумба историки, археологи и просто энтузиасты предприняли немало попыток найти обломки того кораблекрушения. В столице Республики Гаити в местном музее даже хранится якорь, якобы принадлежавший «Санта Марии». Но вероятнее всего, это просто один из старинных якорей, никакого отношения к флагману Колумба не имеющий.